Stacja Naukowa Polskiej Akademii Nauk w Rzymie jest jedną z sześciu naukowych placówek zagranicznych Polskiej Akademii Nauk. Za datę jej powstania przyjmuje się rok 1927, kiedy w wyniku porozumienia między Polską Akademią Umiejętności (PAU) w Krakowie a arcybiskupem metropolitą krakowskim w rzymskim Hospicjum przy Kościele św. Stanisława przy via delle Botteghe Oscure wynajęto 12 pomieszczeń, które posłużyły za bazę dla stworzenia stacji naukowej PAU w Rzymie. 

Sama idea stworzenia polskiego ośrodka naukowego w Rzymie wywodzi się ze znacznie wcześniejszych czasów, sięgających pontyfikatu Leona XIII, gdy po ogłoszeniu w roku 1881 decyzji o udostępnieniu tajnych Archiwów Watykańskich uczeni z całego świata, w tym także z Polski, ruszyli do Rzymu w poszukiwaniu źródeł do historii swych narodów. 

Z Krakowa do Wiecznego Miasta wyruszyła już w roku 1886 kierowana przez profesora Stanisława Smolkę pierwsza Expeditio Romana. Dwa lata później narodził się projekt założenia w Rzymie „polskiej stacji naukowej”. Do pomysłu powrócił w roku 1912 hrabia Józef Michałowski, mieszkający w Rzymie historyk i prawnik, który podarował PAU swój cenny księgozbiór. W roku 1921 nastąpiło uroczyste przekazanie Akademii liczącej kilka tysięcy tomów biblioteki, którą ulokowano w wynajętych pomieszczeniach Hospicjum. Józef Michałowski przez lata i z wielkim zaangażowaniem sprawował opiekę nad Biblioteką Polską w Rzymie, był też faktycznym dyrektorem Stacji Naukowej (1927-1946), ostoi dla wznowionych w roku 1922 wypraw Expeditio Romana.  

W 1938 r. Stację przeniesiono do obecnej siedziby, pobliskiego Pałacu Doriów przy Placu Weneckim, gdzie znalazła wygodne pomieszczenia dla znacznego już księgozbioru oraz dla organizowanych tam spotkań.

Druga wojna światowa przerwała działalność Stacji, a hr. Michałowski zdołał dzięki osobistym staraniom zdeponować księgozbiór w Bibliotece Watykańskiej i ochronić go przed groźbą zarekwirowania. 
Po wojnie, wobec braku źródeł finansowania, przejściowy zarząd nad zbiorami bibliotecznymi sprawował brytyjski The Interim Treasury Committee for Polish Affairs. Polska odzyskała uratowane zbiory i majątek Stacji Naukowej w roku 1946; konsekwencją restrykcji zastosowanych wobec Polskiej Akademii Umiejętności przez nowe władze państwowe, było przejęcie Stacji rzymskiej przez nowo powstałą (1952 r.) Polską Akademię Nauk (PAN).

Placówka rzymska, której dyrektorem po wojnie został Kazimierz Bulas (1947-1950), zaczęła stopniowo odzyskiwać swą pozycję w rzymskim środowisku naukowym, a w latach 1956-1984, pod kierownictwem prof. Bronisława Bilińskiego, rozwinęła szerzej swoją działalność podejmując, trwającą  po dzień dzisiejszy, współpracę z Centro Nazionale delle Ricerche (Krajowa Rada Badań Naukowych) i Accademia Nazionale dei Lincei oraz z licznymi włoskimi uczelniami i instytutami naukowymi. Po profesorze Bilińskim Stacją kierowali kolejno profesorowie: Tadeusz Rosłanowski (1984-1988), Tadeusz Kaczorek (1988-1991), Krzysztof Żaboklicki (1992-2004), Elżbieta Jastrzębowska (2005-2009), Leszek Kuk (2009-2013), Piotr Salwa (2014-2019). Od 2022 dyrektorką Stacji jest Agnieszka Stefaniak-Hrycko.

W roku 1962 Stacja została członkiem Międzynarodowej Unii Instytutów Archeologii, Historii i Historii Sztuki w Rzymie (Unione Internazionale degli Istituti di Archeologia, Storia e Storia dell’Arte), zrzeszającej blisko 40 placówek naukowych włoskich i zagranicznych. Dyrektor Stacji w latach 1992-2005, prof. Krzysztof Żaboklicki, był dwukrotnie wybrany przewodniczącym Unii (kadencje 1997-1999 i 1999-2001).

Poszerzone teksty wybranych referatów, wygłaszanych na odbywających się w Stacji konferencjach, zaczęto drukować w zapoczątkowanej przez prof. Bilińskiego włoskojęzycznej serii wydawniczej Conferenze, w ramach której wydano do tej pory 146 pozycji.

Stacja Naukowa PAN w Rzymie po dziś dzień stanowi ważny polski akcent w rzymskim środowisku akademickim i punkt orientacyjny dla naukowców i badaczy przebawających we Włoszech, a w szczególności w Rzymie.

Dzisiejszą działalność Stacji Naukowej PAN w Rzymie określa Statut przyznany decyzją Prezesa PAN w którym czytamy m.in.:

II. Przedmiot działania Stacji

§ 4

1. Stacja przyczynia się do rozwijania współpracy naukowej, zwłaszcza w zakresie nauk humanistycznych i społecznych oraz wyminany kulturalnej między Rzecząpospolitą Polską a Republiką Włoską i współpracuje w tym zakresie z Ambasadą Rzeczpospolitej Polskiej w Rzymie i Instytutem Polskim Rzymie oraz innymi polskimi i polonijnymi instytucjami naukowymi i kulturalnymi we Włoszech.
2. Do zadań Stacji należy:Stacja bierze udział w realizacji porozumień o współpracy między Polską Akademią Nauk oraz innymi polskimi intsytucjami naukowymi a włoskimi instytucjami naukowymi, a także opiniuje projekty dotyczące nawiązania tego rodzaju współpracy.
   1. popularyzowanie osiągnięć nauki polskiej we Włoszech poprzez organizowanie i współorganizowanie konferencji, odczytów i wykładów, seminariów i warsztatów, dyskusji panelowych, a także wystaw i innych imprez o charakterze naukowym i popularnonaukowym;
   2. udzielanie pomocy w kontaktach polskich pracowników naukowych przybywających do Włoch z włoskimi instytucjami naukowymi, a także włoskim pracownikom naukowym w kontaktach z polskimi instytucjami i pracownikami naukowymi;
   3. wydawanie biuletynów lub innych publikacji naukowych, a także prowadzenie strony internetowej informującej o działalności Stacji.
4. Stacja utrzymuje bieżące kontakty z włoskimi naukowcami będącymi członkami zagranicznymi Polskiej Akademii Nauk.
5. Stacja przedkłada wnioski i propozycje w sprawie nowych kierunków rozwoju polsko-włoskiej współpracy naukowej.
6. Stacja udziela pomocy informacyjnej i organizacyjnej polskim pracownikom naukowym przebywającym na terenie Włoch w realizacji ich działalności naukowej.
7. Stacja utrzymuje kontakty z wybranymi międzynarodowymi organizacjami naukowymi, zwłaszcza w zakresie nauk humanistycznych i społecznych, mającymi siedzibę na terenie Włoch – stosownie do ustaleń organów Polskiej Akademii Nauk oraz charakteru i specyfiki tych organizacji.
8. Stacja może prowadzić badania naukowe ze szczególnym uwzględnieniem nauk historycznych i archeologicznych regionu śródziemnomorskiego przy udziale zatrudnionych w niej pracowników posiadających tytuł lub stopień naukowy.
9. Stacja prowadzi Bibliotekę im. Józefa Michałowskiego dla potrzeb polskich i włoskich śrdowisk naukowych.

(Statut Polskiej Akademii Nauk Stacji Naukowej w Rzymie, Decyzja nr 29 Prezesa Polskiej Akademii Nauk z dn. 11 czerwca 2012 r.)